Desde el punto de vista epidemiológico, el agente infeccioso de la fiebre amarilla es el “virus de la fiebre amarilla”, un arbovirus (virus transmitidos por artrópodos –animales invertebrados, tales como insectos, arañas y crustáceos–) del género Flavivirus, familia Flaviviridae; el reservorio (ser vivo que aloja el germen de la enfermedad) son los humanos en las zonas urbanas, y los monos y algunos marsupiales en las zonas selváticas; y el vector (es decir el agente que lleva el virus del reservorio a los humanos) son los mosquitos hembra, principalmente, del género Aedes o del género Haemagogus.
La fiebre amarilla tiene dos ciclos de transmisión diferentes: el selvático y el urbano. En África existe también un ciclo intermedio que combina los otros dos.
- Fiebre amarilla selvática o de la jungla: se produce cuando el virus se transmite de mono a mono, principalmente infectados por el mosquito Aedes africanus, que habita en el África central. Esta forma también ocurre en Sudamérica, pero por la picadura de mosquitos Haemagogus. Esta forma de transmisión produce casos muy esporádicos en humanos que se adentran en la selva.
- Fiebre amarilla urbana o ciclo ecológico urbano: se produce cuando el virus es transmitido de persona a persona a través de la picadura del mosquito Aedes aegypti, el cual se ha infectado por lo menos dos semanas antes tras picar a un paciente enfermo en fase de viremia (momento en el que el virus entra en el torrente sanguíneo del afectado y desde ahí al resto del organismo) o multiplicación viral en sangre. Este mosquito abunda en zonas húmedas alrededor de reservorios de aguas estancadas (floreros, estanques…) y sólo pica durante el día. Esta es la forma de transmisión más frecuente en América y da lugar a gran número de casos.
- Ciclo de transmisión intermedio o de sabana: es aquel que se produce cuando el virus se transmite del mono al hombre y de hombre a hombre por la picadura de mosquitos Aedes simpsoni y Aedes bromeliae. Se presenta en las zonas húmedas de la sabana de África Central y del Oeste durante la temporada de lluvias. Existen otras especies de Aedes que son vectores de la enfermedad en África occidental como Aedes furcifer-taylori y Aedes luteocephalus. Es el tipo de transmisión más frecuente en África y da lugar a pequeños brotes en las aldeas. A veces puede provocar algún brote más grande si un individuo enfermo llega a introducir el virus en una ciudad más extensa. Este tipo de transmisión no se ha observado en América del Sur.